Aquest monestir és un dels més importants dels molts que es troben a la comarca, coneguts en el seu conjunt com Tebaida Berciana. Fou erigit el segle VII per sant Fructuós de Braga quan aquest va deixar la comunitat de Compludo per practicar l’eremitisme en un oratori que va dedicar a sant Pere, situat al lloc conegut com castro Rupianense. A causa de l’arribada de molts seguidors es va fundar un cenobi (640?), el que es coneixeria com San Pedro de Montes. En el mateix segle VII, un cop Fructuós ja havia abandonat el lloc, va arribar un altre personatge: Valeri del Bierzo, en la seva època San Pedro de Montes deuria estar format per un conjunt de monjos que portarien una vida ascètica en ermitoris, i una església. Després de Valeri hi ha una època sense notícies del lloc, segurament a causa de la manca de seguretat per la invasió islàmica, que acabaria amb el seu abandó.

Cap el 890, va arribar a aquest lloc un tercer personatge: sant Gennadi d’Astorga, possiblement atret pel renom del lloc i dels seus antics ocupants. Gennadi és el restaurador de la vida monàstica de San Pedro de Montes, reedificant l’església i adaptant els espais abandonats a les noves necessitats. La comunitat restaurada va començar a rebre donacions (el 892, del bisbe d’Astorga), entre les quals la pròpia església de San Pedro, propietat del bisbat. La popularitat i importància del lloc va creixent i fins i tot Gennadi és escollit bisbe d’Astorga (909-919). És ell qui va consagrar l’església del monestir, el 919, moment en que li feu una rica dotació.

A partir d’aquest moment la vida del monestir segueix la seva ascensió, en tots els sentits, fins convertir-se en una gran abadia. El 1081 hom introdueix el règim cluniacenc a San Pedro, tot fa pensar que fins aquell moment encara es regia per alguna regla d’època visigòtica (cosa habitual en alguns cenobis de la comarca). Això va provocar la oposició de part de la comunitat i la seva pràctica escissió, amb la coexistència de dos abats, situació que es va perllongar fins el 1099.

A mitjan del segle XIII es va bastir una nova església monàstica, bàsicament l’actual. A començament del segle XIV el lloc passava per un període de decadència i va perdre bona part dels seus béns. El 1506 entrà a formar part de la Congregació de Valladolid, no sense oposició, el que va ajudar a mantenir-se com abadia malgrat la seva precària situació. Ja al segle XVIII el monestir va tornar a passar per una època de bonança, el que li permeté d’emprendre obres de millora en el monestir.

Al segle XIX, la Guerra del Francès, la desamortització i un incendi el 1842, van deixar el lloc sense comunitat i en mal estat. Ara és una església parroquial envoltada de les ruïnes del monestir i s’hi han portat a terme importants obres d’excavació i restauració.