L’origen del monestir de San Andrés de Arroyo cal cercar-lo en la voluntat de Mencía de Lara membre d’una noble família castellana. La documentació més antiga del monestir és una donació d’Alfons VIII a Mencía, de l'any 1181, on sembla que la casa ja era en funcionament en aquell moment i que la fundadora formava part de la comunitat, potser amb el títol d’abadessa. A la donació del lloc on es va establir el monestir li seguiren una sèrie d’altres donacions de béns i drets.

Poc després (1181), el mateix Alfons VIII va fundar el monestir de las Huelgas, a Burgos, i va posar aquest de San Andrés en una posició depenent d’aquell, que el rei va voler que tingués una especial rellevància. L’església monàstica es va consagrar el 1222.