El origen del monasterio de San Andrés de Arroyo hay que buscarlo en la voluntad de Mencía de Lara miembro de una noble familia castellana. La documentación más antigua del monasterio es una donación de Alfonso VIII a Mencía, del año 1181, donde parece que la casa ya estaba en funcionamiento en ese momento y que la fundadora formaba parte de la comunidad, tal vez con el título de abadesa. A la donación del lugar donde se estableció el monasterio le siguieron una serie de otras donaciones de bienes y derechos.

Poco después (1181), el mismo Alfonso VIII fundó el monasterio de las Huelgas, en Burgos, y puso este de San Andrés en una posición dependiente de aquél, que el rey quiso que tuviera una especial relevancia. La iglesia monástica se consagró en 1222.