Este monasterio, aunque las leyendas sitúan su origen en el siglo VI, fue fundado y dotado por Álvaro y Sabit el 928 como monasterio mixto. Hacia el 1100 seguía la Regla de San Benito, el 1185 el papa Lucio III lo entregó a la iglesia de Ourense. Se ha dicho que el 1225 se afilió al Císter, pero hay autores que sitúan este cambio en el siglo XV y no de forma segura hasta el 1451.

En 1446, cuando murió la abadesa del monasterio femenino de San Miguel de Bóveda, el abad de San Clodio intentó hacerse con su propiedad e incluso en 1451 el papa Nicolás V actuó a su favor, pero el obispo de Ourense aprobó el nombramiento de una nueva abadesa (1452) lo que frenó la anexión a San Clodio. Finalmente una vez fallecida la nueva abadesa y antes de un nuevo nombramiento, en 1477 el abad de San Clodio ocupó por la fuerza el monasterio de San Miguel anexándoselo en 1482 y terminando con la comunidad femenina. En 1536 ingresó en la Congregación Cisterciense de Castilla.

Con la desamortización, los monjes fueron desalojados y el monasterio ocupado por un cuartel, pero a finales del mismo siglo se pudo recuperar su función religiosa. Ahora es un hotel.