En el siglo XVI, un pleito confirmó el patronazgo real del priorato de Xunqueira. Bajo la dirección del prior Alonso de Piña (1513-1544) se llevaron a cabo importantes obras de mejora de la iglesia, su mobiliario y las dependencias anexas, fue en esta época que se desarrolló la villa a su alrededor. En 1602 el establecimiento fue anexado a la diócesis de Valladolid pese a la oposición mostrada por la misma canónica. Los obispos de Valladolid pasaron a ser los señores de la colegiata y de sus cuantiosas riquezas. Con la desamortización se disolvió la canónica y en 1853 tomó el carácter de iglesia parroquial.

Ahora és la iglesia parroquial de Xunqueira de Ambía, a levante de Allariz