El asentamiento monástico de L'Île-Barbe tiene un carácter muy peculiar, que a buen seguro le viene dado por dos factores, el primero es su naturaleza insular (está situado en medio del Saona, poco antes de la confluencia con el Ródano) y el segundo su antigüedad, todo ello hace que conserve una estructura física diferente de la mayoría de monasterios, con varios lugares de culto esparcidos por la isla, que se ha comparado con el caso de la abadía de Lérins (Alpes Marítimos). Dejando a un lado tradiciones que incluso sitúan la llegada del cristianismo a la isla en tiempos apostólicos, se tiene noticias del monasterio desde comienzos del siglo V momento en que Gregorio de Tours sitúa la llegada de un discípulo de san Martín. Debido a las modificaciones que ha ido sufriendo el lugar, sobre todo después de las guerras de Religión y de la Revolución, se hace difícil la lectura de los diferentes espacios monásticos, trabajo en el que tiene un papel importante la arqueología. En sus inicios el monasterio tendría también una vertiente eremítica, lo que puede explicar los diferentes lugares de culto. Por este monasterio habrían pasado grandes personajes de monacato primitivo, como San Román de Condat antes de fundar el monasterio después conocido Saint-Claude (Jura). L'Île-Barbe también habría tenido algún papel en la fundación del monasterio de Saint-Maurice de Agaune (Valais, Suiza).

Tras destrucciones producidas a raíz de las incursiones sarracenas se dispone de noticias más concretas, tales como la restauración impulsada desde el obispado de Lyon a principios del siglo IX. Esta restauración se complementó con la adopción de la Regla de San Benito, introducida en la isla gracias a la intervención de Benito de Aniano. A partir de ese momento la abadía se fue desarrollando y adquiriendo importancia, durante la época medieval llegó a tener una comunidad de un centenar de monjes, se construyeron (o reconstruyeron) varias iglesias, alguna de ellas con precedentes más antiguos, además disponía de un importante número de prioratos que dependían de éste. Fue la época de máximo esplendor, en adelante fue entrando en decadencia, en el siglo XVI pasó al régimen de encomienda y en 1549 se secularizó, convirtiéndose en una colegiata.