Fundado en 1233, sufrió desde sus inicios un enfrentamiento con el poder episcopal de Oporto que logró su expulsión, el conflicto se alargó hasta que el papa Inocencio IV emitió una bula en 1244 anulando las actuaciones anteriores y restituyendo a los frailes menores el lugar de donde habían sido expulsados. La iglesia se levantó entre los años 1383 y 1410. En 1568 la comunidad franciscana se reformó, pasando a la observancia. Con el tiempo la casa conventual fue evolucionando y ahora el interior de la iglesia presenta una exuberante decoración barroca realizada básicamente durante el siglo XVII. A comienzos del siglo XIX el convento fue ocupado como cuartel y en 1833 fue víctima de un incendio debido al asedio de la ciudad de Oporto. El convento fue derribado y en su lugar se levantó el nuevo Palácio da Bolsa mientras que la iglesia quedaba convertida en almacén. El templo, única parte que se conserva del convento, fue restaurada a partir de la segunda mitad del siglo XX, respetando la decoración barroca interior.