Benedictins
 

L'origen del cenobi de Sant Aniol d'Aguja hom el situa tradicionalment en la destrucció del monestir de Santa Maria d'Arles del Vallespir, per part dels normands, el 858 o 859, que féu que alguns dels seus monjos encapçalats per l'abat Ricimir marxessin cap a llocs més tranquils, instal·lant-se a la vall d'Aguja. Hom té, al menys, constància que, durant el tercer quart del segle IX, un petit grup de monjos benedictins, es van instal·lar en aquest lloc i aconseguiren la confirmació dels seus béns, els quals havien estat guanyats a l'erm.

A començament del segle XIX la situació de la parròquia encara era bona. Ara està isolada per mor de la deficient comunicació.

Tot i això la riquesa del cenobi era molt minsa i ja el 899 hagué de sotmetre's a la seu de Girona. Fins el segle XIII hi ha un buit documental pel que fa al monestir. El trobem com a parròquia el 1279. Hom suposa que els monjos de Sant Aniol passaren a residir al monestir de Sant Llorenç de Sous, el més important de la zona.