Este documento de donación se considera el fundacional, dado que no se ha encontrado ninguna otra referencia anterior al establecimiento monástico. No se menciona la existencia de ninguna comunidad en ese momento, pero si que hay una referencia a la construcción de la iglesia monástica. En 1028 se menciona por primera vez el monasterio de Sant Daniel y su abadesa: Bonafilla. En 1086 y con la protección de la condesa Mafalda se consagró la iglesia, que había comenzado su predecesora, Ermessenda.

En esta época el monasterio acumuló un patrimonio muy importante, lo que era indispensable para poder garantizar su subsistencia. Aquella situación de prosperidad se prolongó en el tiempo, en buena parte todo esto fue posible gracias a donaciones y privilegios a su favor, muchos de ellos efectuados por las familias de las mismas monjas que profesaban, acomodadas. Una de las normas de la comunidad obligaba a que las monjas de la comunidad debían ser hijas de la nobleza.

En 1343 se encontraron los restos de san Daniel y con la voluntad de revitalizar el culto a sus reliquias, en 1345 se encargó la construcción de un sepulcro al maestro Aloi, que se depositó en la cripta.

Sepulcre de Sant Daniel. Escenes de la seva vida:

El monasterio de Sant Daniel se anexionó otros cenobios de reducidas dimensiones, que se encontraban en decadencia y que de esta manera se incorporaban a este. junto con sus posesiones. En 1458 se incorporó la comunidad de Santa Margarida de Prats de Roses, que se había fundado en 1226 y que se encontraba en decadencia. Un caso similar fue el del monasterio de Santa María del Mar (Calonge, Girona), documentado desde el 1238, el 1458 el cargo de priora recayó en una monja de la comunidad de San Daniel. En 1543, la priora del monasterio de Valdemaria (Maçanet de la Selva, Girona), también en decadencia, se trasladó a Sant Daniel y en 1550 se integró totalmente.

A partir del 1578 se modificaron las normas internas de la casa de acuerdo al nuevo estado de cosas derivado del Concilio de Trento. Hasta ese momento las monjas de la comunidad vivían en el monasterio con ciertas comodidades como disponer de estancias privadas y de sirvientas. A partir de ese momento las condiciones se endurecieron y, entre otras modificaciones, obligaba a llevar vida comunitaria.

Los enfrentamientos bélicos dieron muchos sobresaltos al monasterio gerundense, con la Guerra dels Segadors el centro monástico fue asaltado y las monjas se vieron obligadas a abandonarlo (1640). Los diferentes enfrentamientos entre Francia y España motivaron aún una serie de de disgustos al monasterio gerundense, en 1681 y el 1684. Debido a varios enfrentamiento bélicos, también abandonaron el lugar en 1710 y de nuevo a finales de siglo, en 1795. En 1808 se encontraron con la Guerra del Francés y debieron abandonar otra vez el monasterio que fue asaltado y saqueado. Después de un intento de unirse con el de Sant Antoni i Santa Clara de Barcelona, pudieron volver a Sant Daniel en 1819. Los efectos de la exclaustración de 1835 fueron leves, si los comparamos con los resultados desastrosos que tuvo en otros lugares.

En 1881 y desde este monasterio de Sant Daniel se fundó el nuevo establecimiento de Sant Benet de Mataró, que el 1952 se unificó con el de Sant Antoni i Santa Clara de Barcelona formando la nueva comunidad de Sant Benet de Montserrat.

En 1936 la comunidad volvió a dejar el monasterio a causa de la Guerra Civil, el sepulcro san Daniel se trasladó al Museo de Girona y no retornó hasta terminada la guerra, en 1939, al mismo tiempo que la comunidad.

Los edificios

La iglesia del monasterio de Sant Daniel es, básicamente, la que levantó la condesa Ermessenda (1018-1086), con elementos más antiguos. Es un edificio de nave única con transepto. Actualmente sólo conserva una absidiola de las originales, hay que mencionar el cimborrio que se levanta en medio del edificio. El claustro es un bello ejemplar románico, de finales del siglo XII. Ya en época gótica, entre los años 1427 y 1430 se levantó un segundo piso, con dos galerías, que más adelante se completó con dos galerías más, pero con grandes arcos de medio punto.

El valle de Sant Daniel se encuentra a levante del centro histórico de la ciudad de Girona