Aquest document de donació hom el considera el fundacional, donat que no s’ha trobat cap altra referència anterior a l’establiment monàstic. No s’esmenta l’existència de cap comunitat en aquell moment, però si que hi ha una referència a la construcció de l’església monàstica. El 1028 s’esmenta per primer cop el monestir de Sant Daniel i la seva abadessa: Bonafilla. El 1086 i amb la protecció de la comtessa Mafalda es va consagrar l’església, que havia començat la seva predecessora Ermessenda.

En aquesta època el monestir va acumular un patrimoni força important, el que era indispensable per poder garantir la seva subsistència. Aquella situació de prosperitat es va perllongar en el temps, en bona part tot això va ser possible gràcies a donacions i privilegis al seu favor, molts d’ells efectuats per les famílies de les mateixes monges que hi professaven, en bona part benestants. Una de les normes de la comunitat obligava a que les monges de la comunitat havien de ser filles de la noblesa.

El 1343 es van trobar les restes de sant Daniel i amb la voluntat de revitalitzar el culte a les seves relíquies, el 1345 es va encarregar la construcció d’un sepulcre al mestre Aloi, que es va dipositar a la cripta.

Sepulcre de Sant Daniel. Escenes de la seva vida:

El monestir de Sant Daniel es va annexionar altres cenobis de reduïdes dimensions, que es trobaven en decadència i que d’aquesta manera s’incorporaven a aquest. juntament amb les seves possessions. El 1458 es va incorporar la comunitat de Santa Margarida de Prats de Roses, que s’havia fundat el 1226 i que es trobava en decadència. Un cas similar fou el del monestir de Santa Maria del Mar (Calonge, Baix Empordà), documentat des del 1238; el 1458 el càrrec de priora va recaure en una monja de la comunitat de Sant Daniel. El 1543, la priora del monestir de Valdemaria (Maçanet de la Selva, Selva), també en decadència, es va traslladar a Sant Daniel i el 1550 es va integrar totalment.

A partir del 1578 es van modificar les normes internes de la casa d’acord al nou estat de coses derivat del concili de Trento. Fins aquell moment les monges de la comunitat vivien al monestir amb certes comoditats com ara disposar d’estances privades i de serventes. A partir d’aquell moment les condicions es van endurir i, entre altres modificacions, obligava a portar vida comunitària.

Els enfrontaments bèl·lics van donar molts sobresalts al monestir gironí, amb la Guerra dels Segadors el centre monàstic fou assaltat i les monges es van veure obligades a abandonar-lo (1640). Els diferents enfrontaments entre França i Espanya van motivar encara una sèrie de d’ensurts al monestir gironí, el 1681 i el 1684. A causa de diversos enfrontament bèl·lics, també van abandonar el lloc el 1710 i un altre cop a finals de segle, el 1795. El 1808 es van trobar amb la Guerra del Francès i degueren abandonar altra vegada el monestir que fou assaltat i saquejat. Després d’un intent d’unir-lo amb del de Sant Antoni i Santa Clara de Barcelona, van poder retornar a Sant Daniel el 1819. Els efectes de l’exclaustració de 1835 foren lleus, si els comparem amb els resultats desastrosos que va tenir en altres llocs.

El 1881 i des d’aquest monestir de Sant Daniel es va fundar el nou establiment de Sant Benet de Mataró, que el 1952 es va unir amb el de Sant Antoni i Santa Clara de Barcelona formant la nova comunitat de Sant Benet de Montserrat.

El 1936 la comunitat va tornar a deixar el monestir a causa de la Guerra Civil, el sepulcre sant Daniel es va traslladar al Museu de Girona i no va retornar fins acabada la guerra, el 1939, al mateix temps que la comunitat.

Els edificis

L’església del monestir de Sant Daniel és, bàsicament, la que va aixecar la comtessa Ermessenda (1018-1086), amb elements més antics. És un edifici de nau única amb transsepte. Actualment només conserva una absidiola de les originals, cal esmentar el cimbori que s’aixeca al bell mig de l’edifici. El claustre és un bell exemplar romànic, de finals del segle XII. Ja en època gòtica, entre els anys 1427 i 1430 es va aixecar un segon pis, amb dues galeries, que més endavant es va completar amb dues galeries més, però amb grans arcs de mig punt.

La vall de Sant Daniel es troba a llevant del centre antic de la ciutat de Girona