El convento de los Capuchinos de Banyoles tuvo una vida efímera, entre los años 1583 y 1638. La fundación se hizo gracias a la voluntad del abad benedictino de San Esteban, que era el señor del lugar. A los capuchinos les fue cedida la capilla y ermita de Sant Martirià situada en un lugar elevado, sobre el lago, al norte de la Villa, donde se veneraban las reliquias de este santo. Era una casa muy humilde, y para dar cobijo a la reducida comunidad fue adaptada de una manera muy simple la ermita preexistente.

Ya en 1614 se planteó abandonar aquel establecimiento debido al mal estado en que se encontraba, se dice que más bien era una cabaña de pastores que un convento. En el capítulo provincial de 1625 se determinó un cambio de ubicación e incluso se aceptó un legado que debería ayudar a hacerlo realidad, pero no tuvo éxito. El Capítulo de 1637 acordó pedir a Roma la supresión del convento, lo que se hizo efectivo al año siguiente, pese a la oposición de los lugareños. Los capuchinos devolvieron la casa a los benedictinos de San Esteban, que a su vez la cedieron a los servitas, aunque el año 1683 y todavía en 1734 nuevamente se dieron pasos para el retorno de los capuchinos, pero sin que las conversaciones llegaran a buen puerto. No hay restos de la casa de los capuchinos, sólo de las construcciones que se hicieron más adelante, cuando estaba en manos de los servitas.

El convento de Banyoles según el mapa titulado
Provincia Cataloniae cum confinijs (1649)
Institut Cartogràfic de Catalunya