El convent dels Caputxins de Banyoles va tenir una durada efímera, entre els anys 1583 i 1638. La fundació es va fer gràcies a la voluntat de l’abat benedictí de Sant Esteve, que era el senyor del lloc. Els fou cedida la capella i ermita de Sant Martirià situada en un indret elevat, sobre el llac, al nord de la vila, i on es veneraven les relíquies d’aquest sant. Era una casa molt humil, i per donar aixopluc a la reduïda comunitat fou adaptada d’una manera molt simple l’ermita preexistent.

Ja el 1614 es va plantejar abandonar aquell establiment a causa del mal estat en que es trobava, hom diu que més aviat era una cabana de pastors que un convent. En el capítol provincial de 1625 es va determinar un canvi d’ubicació i fins i tot es va acceptar un llegat que hauria d’ajudar a fer-ho realitat; però no es reeixí. El Capítol de 1637 va acordar demanar a Roma la supressió del convent, cosa que es va fer efectiva l’any següent, tot i l’oposició dels vilatans. Els caputxins van retornar la casa als benedictins de Sant Esteve, que el van cedir als servites, tot i que l’any 1683 i encara el 1734 novament es van fer passos pel retorn dels caputxins, però sense que les converses arribessin a bon port. No hi ha restes de la casa dels caputxins, només de les construccions que es van fer més endavant, quan estava a mans dels servites.

El convent de Banyoles segons el mapa titulat
Provincia Cataloniae cum confinijs (1649)
Institut Cartogràfic de Catalunya