El año 945 el monasterio fue destruido por causas militares, lo que obligó a su reconstrucción y consta que se volvió a consagrar el 957. En el año 977, Banyoles participó en la fundación del monasterio de Sant Pere de Besalú. Su desarrollo fue importante y en 1017 el papa Benedicto VIII le confirmó sus amplias posesiones, al tiempo que le otorgaba inmunidad. El 1078 el conde Bernat II de Besalú lo sujetó a San Víctor de Marsella, de hecho una donación, que fue confirmada posteriormente por las autoridades eclesiásticas.

Gracias a la ayuda de los condes de Cerdanya desde Sant Esteve se establecieron los prioratos de Santa Maria de Finestres (Garrotxa), Sant Marçal de Montseny (Vallès Oriental) y Sant Nicolau de Calabuig (Alt Empordà). Durante el siglo XIII continuó acumulando poder y riquezas. El 1227 se integró en la Congregación Claustral Tarraconense.

Los edificios monásticos resultaron dañados a raíz de los terremotos que sufrió Banyoles en los años 1427 y 1428. Durante el siglo XVII también sufrió más destrozos, ahora con motivos bélicos, fue en ese momento en que se perdió el claustro románico, además de resultar afectadas otras dependencias. Este tipo de incidentes se repitieron en los siglos siguientes, y la comunidad se refugió en el santuario dels Arcs, en Santa Pau. Fue clausurado definitivamente en 1835, con la desamortización. Durante la segunda mitad del siglo XX se han hecho excavaciones arqueológicas y posteriormente se ha restaurado.

En 2010 se recuperó en buena parte la arqueta de Sant Martirià (1413-1453), una pieza singular del taller de los Artau de Girona, que había sido robada en 1980.

La iglesia aún guarda el Retablo de la Virgen de la Escala (1437-39?), obra de dimensiones importantes de Juan Antigó.

Situación:

El monasterio de Sant Esteve se encuentra en el centro de Banyoles

Coordenadas GPS : N 42.120588, E 2.769075