L’any 945 el monestir fou destruït per causes militars, això va obligar a la seva reconstrucció i consta que es va tornar a consagrar el 957. L’any 977, Banyoles va participar en la fundació del monestir de Sant Pere de Besalú. El seu desenvolupament fou important i el 1017 el papa Benet VIII li va confirmar les extenses possessions, alhora que li atorgava immunitat. El 1078 el comte Bernat II de Besalú el va subjectar a Sant Víctor de Marsella, de fet una donació, que fou confirmada posteriorment per les autoritats eclesiàstiques.

Gràcies a l’ajut dels comtes de Cerdanya des de Sant Esteve es van establir els priorats de Santa Maria de Finestres (Garrotxa), Sant Marçal de Montseny (Vallès Oriental) i Sant Nicolau de Calabuig (Alt Empordà). Durant el segle XIII va continuar acumulant poder i riqueses. El 1227 es va integrar en la Congregació Claustral Tarraconense.

Els edificis monàstics van resultar malmesos a ran dels terratrèmols que va patir Banyoles en els anys 1427 i 1428. Durant el segle XVII també va patir més destrosses, ara amb motius bèl·lics, fou en aquell moment en que es va perdre el claustre romànic a més de resultar afectades altres dependències. Aquesta mena d’incidents es repetiren en els segles següents, i la comunitat es va refugiar al santuari dels Arcs, a Santa Pau. Fou clausurat definitivament el 1835, amb la desamortització. Durant la segona meitat del segle XX s’hi ha fet excavacions arqueològiques i posteriorment s’ha restaurat.

El 2010 es va recuperar en bona part l’arqueta de Sant Martirià (1413-1453), una peça singular del taller dels Artau de Girona, que havia estat robada el 1980.

Situació:

El monestir de Sant Esteve és al centre de Banyoles

Coordenades GPS : N 42.120588, E 2.769075