Benedictins
 

L'origen del monestir de Santa Maria d'Amer és força confús. El cert és que el 844 hi havia una cel·la monàstica vinculada a Sant Medir. Entre el 935 i 940 els monjos d'aquest monestir es van traslladar a Amer. El monestir es va consagrar el 949, i va rebre importants donacions. Des del 1186 depenia directament de la Santa Seu.

Al segle XIV s'inicia una època de davallada, fet que s'agreuja al segle següent i encara pateix els efectes dels terratrèmols de 1425 i 1428, el que va obligar a efectuar importants obres de restauració. Els monestirs d'Amer i de Roses queden units per mor de la decadència que pateixen.

El 1657 el monestir, com la resta de la població d'Amer, pateix els efectes de l'ocupació dels francesos, el que obliga el trasllat de l'església parroquial a Santa Maria. El lloc és exclaustrat definitivament el 1835.