Tradicionalment es considera que en aquest lloc hi havia un ermitori que fou ocupat per sant Millán, la mateixa tradició diu que Fernán González va fer aixecar al seu costat una església i que la va dedicar a aquell sant. Documentalment el lloc es coneix des del 1059. El 1157 l’establiment fou lliurat per Sanç III de Castella a la seu episcopal de Burgos i des d’aquell moment va passar a ésser dirigit per un canonge tot conservant el títol d’abadia.