En 946 se celebró el concilio de Monte Irago en el que, entre otros, participó el abad Pimolus de Sancti Martini, que se considera que puede tratarse de este monasterio. Se trataría de una fundación benedictina del siglo X o, tal vez anterior. Inicialmente era una posesión episcopal pero más adelante se convirtió en propiedad real.

Como tal propiedad, en 1165 el rey leonés Fernando II lo entregó a la canónica agustiniana de Santa María de Poibueno (León). Curiosamente en 1203 o 1204, el prior de Poibueno y al mismo tiempo abad de San Martín de Montes, Rodrigo, pasó a pertenecer a la orden del Hospital, junto con el monasterio de San Martín. A raíz de este cambio poco frecuente, se establecieron unos pactos entre el propio monasterio, el obispado de Astorga y el monasterio de Carracedo, que tenía ciertos derechos sobre el mismo. El primer comendador del establecimiento hospitalario fue Don Gonzalo, y Rodrigo mantuvo todavía el cargo honorífico de prior.