Malgrat que hi ha algunes opinions que situen la fundació d’aquest monestir en el segle X, la primera notícia documental que en fa referència és de l’any 1094, i fa pensar que aquesta fundació realment es portés a terme a finals del segle XI, poc abans d’aquella data. En aquell moment, o poc després, es va realitzar una concentració en aquest lloc de monges procedents d’altres monestirs propers: Sant Pedro de Valderaduey, o Araduey, San Martín de la Fuente, San Pedro de los Molinos i després Santa María de Piasca, entre 1078 i 1108.

El monestir estava en certa manera sota la direcció de San Benito de Sahagún però conservant la seva independència. A finals del segle XII es va perdre aquesta independència i l’abat de Sahagún, entre altres, tenia el dret de triar l’abadessa de las Dueñas, cosa que va enfrontar els dos establiments i les monges van iniciar plets per tal de garantir la seva independència. Finalment el rei va dictaminar a favor dels monjos de Sahagún i el papa Alexandre IV ho va confirmar el 1253. Això no va acabar amb les diferències entre les dues comunitats i en els anys següents es troben encara enfrontaments, al menys fins la meitat del segle XIV.