El 1057 va morir el comte i el monestir va quedar sota la protecció de la seva vídua, que davant de la seva situació i de la decadència en la que possiblement es trobava l’establiment va entrar en contacte amb els cluniacencs perquè es fessin càrrec del monestir. El 1076 es va arribar a un acord amb Cluny i el 1080 els primers monjos van arribar a San Zoilo.

En el decurs del segle XII el monestir va rebre els favors de la noblesa, el que va fer que esdevingués propietari d’un patrimoni molt important. El 1118 el proper monestir de San Martín de Frómista va passar de dependre d’aquest, amb la categoria de priorat, tenia més d’una dotzena de monestirs sota el seu domini. Al segle XIV es detecta una època de decadència, amb molts problemes de tipus econòmic, alhora que es registraven també incidències greus pel que fa a la disciplina monàstica.

Al segle XV es va independitzar de Cluny i va passar a dependre directament de Roma. Va tenir abats comendataris, deslligats de la comunitat i poc dedicats a tenir cura de l’establiment monàstic, i això no va ajudar la seva recuperació. El 1532 aquesta situació es va redreçar; el monestir es va independitzar i va poder elegir abats propis. Des del 1531 només tenia lligam amb San Benito de Valladolid. La situació econòmica va millorar, el que va permetre la construcció d’un nou claustre. Aquesta construcció possiblement substituí el d’època romànica, que hom pensa que ja havia patit algunes modificacions. L’obra del nou claustre es va desenvolupar entre els anys 1537 i 1621.

Entre els anys 1823 i 1826 els monjos de San Zoilo es van veure obligats a abandonar el monestir, que fou saquejat. El 1836 l’establiment fou clausurat definitivament i només s’hi va quedar un monjo, amb el càrrec de rector. Més tard es va ordenar la seva venda, però aquesta es va poder aturar i els edificis es van destinar a escola, sota la direcció dels jesuïtes. Aquesta situació es va mantenir, amb variants de tota mena, fins el 1959, quan va passar a mans del bisbat. El 1990 la major part dels edificis foren venuts i actualment es troba adaptat com hotel. Durant les obres de restauració de l’edifici (1993) es va descobrir la portada romànica de l’església.

D’època romànica pràcticament només es conserva la portada de l’església, que es podria situar entre els segles XI i XII. L’església és barroca d’una única nau, amb la seva façana de la mateixa època (segle XVII). Al seu interior es conserva un sèrie de sepulcres, els més antics i senzills d’època comtal (segle XII) i els és recents del segle XIII. El retaule procedeix d’una altra església. El claustre és un bell exemplar de finals del segle XVI.

Bibliografia:
- ANDRÉS ORDAX, Salvador, i altres. Monasterios de Castilla y León. Lleó: Edilesa, 2003