Aquest monestir és, sens dubte, un dels més importants de La Rioja malgrat que el coneixement que hom té de les seves estructures, dependències i fins i tot la seva història sigui força limitat. El monestir s’hauria fundat en l’època de la recuperació del territori, quan es van restaurar o aixecar de nou una llarga sèrie de cenobis. La data de la seva instauració ha estat motiu de discussió a causa de la falsificació del document considerat fundacional. Tot i així, aquesta caldria situar-la durant el regnat del Sanç Garcés I de Pamplona (905-925), i segurament durant aquest darrer any. També s’ha considerat que el monestir pugui tenir antecedents pre-islàmics, si tenim en compte la existència d’importants restes d’una església del segle VII al proper lloc de Las Tapias i fins i tot d’un possible origen eremític situat en les coves del mateix monestir.

Tampoc s’ha pogut assegurar que aquella primera comunitat fos benedictina, tot i que hom ho considera molt probable. Sanç Garcés I i la reia Toda també van dotar esplèndidament el monestir amb béns que poguessin garantir el seu manteniment. L’any 950 hi va passar a dependre la comunitat monàstica de San Prudencio de Monte Laturce, establerta poc abans no lluny d’aquí, a llevant. El lloc va esdevenir un centre important i de gran envergadura i del que hom coneix el seu escriptori gràcies a l’encàrrec d’un manuscrit efectuat pel bisbe de Le Puy-en-Velay i del còdex conegut com Chronicon Albeldense. Entre els anys 1033 i 1092 el monestir va esdevenir seu episcopal, el que afavoriria que entre el 1167 i 1180 es convertís en una canònica seguidora de la Regla de Sant Agustí. Poc a poc, amb el desplaçament dels centres de poder, la canònica va anar perdent importància i el 1435 fou unida a la col·legiata de La Redonda de Logronyo.

Sembla clar que el conjunt monàstic estaria format per un assentament amb les dependències principals i de serveis comuns a la comunitat al voltant del qual es trobaven una sèrie de balmes o coves on s’aplegarien una part dels monjos on hi portarien una vida de tipus eremític. Hom pensa que el nucli d’edificis monàstics estaria actualment ocupat pel centre històric d’Albelda de Iregua, concretament en el sector on ara hi ha l’església. Malgrat que s’han trobat restes de construccions al poble, aquestes no han pogut identificar-se amb concreció. El contrari passa amb les coves o estructures excavades, després utilitzades com a bodegues i que hom les ha anomenat “columbaris”.