Cal emmarcar la fundació del monestir de San Prudencio dintre de les tasques de reorganització del territori un cop aquest es va recuperar a l’islam. El monestir està situat en un lloc elevat en una vall que s’obre a la del riu Leza. La tradició diu que el lloc on s’aixeca el monestir fou escollit de forma miraculosa ja que és on es va aturar el cavall que portava el cos del seu patró, sant Prudenci. Inicialment es va bastir en aquell lloc l’església de San Vicente. Al voltant de l’any 925 s’hi va aplegar una comunitat monàstica de la que hom coneix el nom del seu abat, Adica. L’any 950 aquest abat encapçalant la seva comunitat es lliurà a San Martín de Albelda, no lluny d’aquest lloc, d'on va passar a dependre. Possiblement aquesta unió es va fer per protegir millor la casa monàstica aixecada en un lloc d’inestabilitat fronterera.

Mentrestant la vall de Leza va quedar sota el senyoriu de Cameros al davant del qual es trobava Fortún Ochoa, aquest i els seus descendents es van erigir com a protectors de San Prudencio des de l'any 1058. Aquest fet va propiciar que la casa es beneficiés de les donacions dels seus senyors i visqués una època de prosperitat, ja independent d’Albelda. A més els nous protectors de la casa impulsaren obres de construcció al monestir, a banda d’erigir en aquest lloc el panteó familiar. Els senyors de Cameros van fundar el 1169 el monestir cistercenc de Santa María de Rute, o Ruete, on hi van abocar els seus esforços en detriment de San Prudencio.