La fundació d’aquest monestir es va portar a terme gràcies al comte Guifré II de Cerdanya, el qual havia aixecat una església dedicada a sant Martí ja amb la voluntat d’instaurar-hi un monestir. El 1007 es va formalitzar la fundació amb la donació de terres a la nova casa, alhora que es feia constar que havia de seguir la Regla de Sant Benet. L’any 1009 es va consagrar l’església monàstica amb l’assistència del bisbe Oliba d’Elna i de l’abat de Ripoll i Cuixà, Oliba, germà del comte fundador. L’any 1011 el papa Sergi IV li va confirmar els béns. A més de la casa comtal de Cerdanya, el monestir va rebre protecció del comtat del Rosselló; la comtessa Ermengarda, esposa de Guislabert I, hi va fer donacions el 1007. El 1035 el comte fundador es va retirar com a monjo a Sant Martí del Canigó, on hi va morir l’any 1050.

Per voluntat del comte de Cerdanya, l’any 1114 aquesta abadia fou sotmesa al monestir de La Grassa, que de fet intervenia en les eleccions d’abat que es feien al monestir, triant monjos de La Grassa per ocupar el càrrec. Tot i això, el 1159 fou triat un monjo del monestir de Ripoll, el que va provocar l’oposició de la casa occitana que es va materialitzar amb un atac al monestir (1162), que resultà saquejat i amb la comunitat dispersada. La intervenció del rei i del papa va tornar les coses a lloc l’any següent, deixant el monestir independent.

El 1506 aquesta casa va passar a estar regida per abats comendataris i el 1592 el papa Climent VIII la va integrar a la Congregació Claustral Tarraconense. Va mantenir la seva activitat fins que fou secularitzat el 1782 i en els anys següents va caure en ruïna i resultà espoliada. La restauració va començar el 1902 gràcies a la iniciativa del bisbe de Perpinyà Juli Carsalade, el resultat és el monestir actual que conserva d’època antiga l’església, de fet dues esglésies superposades, el campanar i el claustre refet amb elements recuperats. La resta d’edificis són de construcció moderna. A partir del 1952 la casa va estar a càrrec del benedictí Père de Chabannes i des del 1988 per una comunitat que encara l’ocupa.