La tradition attribue la fondation de l’abbaye de Baignes à Charlemagne, en 769. L’origine de l’activité monastique dans ce lieu a même été repoussée jusqu’à l’époque de saint Martial de Limoges (IIIe siècle), bien que cette affirmation soit de nature légendaire. Il est possible que Baignes ait eu un lien avec l’abbaye de Saint-Martial de Limoges, mais ce lien n’est documenté qu’à une époque bien plus tardive, en 1226.
L’implication de Charlemagne dans la fondation ou la reconstruction du monastère reste plausible : des chroniques tardives mentionnent des documents plus anciens qui le confirmeraient, mais ceux-ci ont été perdus au fil du temps. En revanche, il est établi qu’à la fin du XIe siècle, l’évêque Ramnulfus de Saintes donna l’abbaye à Hugues de Cluny (†1109). On connaît également plusieurs noms d’abbés, le plus ancien étant Adémar, mentionné entre 1032 et 1037. Il convient de noter que le cartulaire de Baignes a été compilé au XIIIe siècle à partir de documents de diverses époques. Le monastère subit les effets des guerres de Religion au XVIe siècle et resta actif jusqu’à la Révolution.
De nos jours, seule l’église subsiste, devenue église paroissiale. Elle a été profondément remaniée au fil du temps. On pense qu’à l’origine elle était beaucoup plus vaste et structurée différemment. La majeure partie de l’édifice conservé date des XIIe et XIIIe siècles, avec une nef unique de plan rectangulaire. Une petite chapelle est adossée sur un côté. Les autres bâtiments conventuels ont disparu, bien que l’existence d’un ou peut-être deux cloîtres soit attestée.
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