Aquest monestir femení fou fundat a la ciutat d’Arle pel bisbe Cesari (502-543) pel qui va redactar la regla que porta el seu nom. Cap el 507 Cesari va emprendre la fundació del monestir, un establiment que inicialment estava situat al cementiri dels Aliscamps, prop de la basílica de Saint-Genès dedicada al màrtir d’aquest nom (sant Genís) on era enterrat i venerat. Quan encara estava en obres, el monestir fou destruït pel francs (508), un cop recuperada la normalitat, va reprendre la fundació però aquest cop va situar la casa intramurs, al costat de l’antiga església episcopal, dedicant-lo a sant Joan Baptista, el que fa pensar que hauria ocupat el baptisteri del complex episcopal. Va confiar la realització del projecte a la seva germana Cesària que havia enviat a Marsella on es va fer monja, va ser la primera abadessa del monestir de Saint-Jean, que després canviaria l’advocació per la de Saint-Césaire.

Portal del recinte monàstic

El 514 les monges ja s’hi havien instal·lat i a la mort del fundador (543) la comunitat era ja molt àmplia, hom parla de dues-centes monges. Santa Radegunda (c.520-587) va visitar aquesta abadia i va adoptar la seva regla pel monestir de Sainte-Croix, que va fundar a Poitiers. La casa monàstica i l’antiga catedral de Saint-Étienne formarien un únic conjunt d’edificis que estava situat al sud-est de la ciutat, a tocar de la seva muralla. Hi consta la consagració d’una església monàstica l’any 524 en el decurs del IV Concili d’Arle i amb la presència de setze bisbes. L’any 540 va morir Cesària que fou enterrada en aquella església, de la mateixa manera que el seu germà i fundador el 543.

Entrada al recinte de Saint-Césaire