L’abbaye de Sixt faisait partie d’une congrégation de chanoines augustins dépendant de l’abbaye d’Abondance (Haute-Savoie). Elle fut fondée au XIIe siècle dans une vallée montagneuse au sud du lac Léman et put se maintenir en activité, malgré son déclin, jusqu’à la Révolution.
Le prieuré augustin de Sixt fut fondé entre 1140 et 1144 depuis l’abbaye d’Abondance (Haute-Savoie), elle-même instaurée par l’abbaye de Saint-Maurice d’Agaune (Valais, Suisse). Bien qu’il n’existe aucun document explicite, la fondation est attribuée à Aymon de Faucigny († v. 1168), frère de l’évêque de Genève de l’époque. L’établissement fut installé sur des terres appartenant aux seigneurs de Faucigny qui avaient été auparavant données à Abondance. En 1144, Sixt prit le titre d’abbaye. Son premier abbé fut Ponce, probablement l’un des premiers moines venus d’Abondance.
Sixt faisait partie d’une congrégation de maisons augustiniennes liées à Abondance, parmi lesquelles on compte, outre Sixt, les abbayes d’Entremont (Haute-Savoie), de Grandvaux et de Goaille (toutes deux dans le Jura), entre autres. Cette relation faisait dépendre l’abbaye de la maison mère pour des questions importantes, telles que l’élection de l’abbé. Par ailleurs, on considère également que, non loin de là et en relation avec cette communauté, fut fondée une maison de chanoinesses. On mentionne même le nom de sa prieure, Adélaïde de Faucigny. Quoi qu’il en soit, on pense que vers 1285 ces chanoinesses rejoignirent la chartreuse féminine de Mélan (Haute-Savoie).
Une bulle pontificale d’Innocent III de 1204 énumérait les biens de cette abbaye, qui s’étendaient dans les vallées des rivières Giffe et Arve jusqu’à Genève. Beaucoup de ces possessions provenaient de donations des Faucigny. Au cours du XVe siècle la maison traversait une période de déclin et connaissait également des problèmes d’observance. Vers le milieu de ce siècle elle fut soumise au régime de la commende. Au début du XVIIe siècle, depuis l’évêché de Genève, on tenta de redresser la situation et d’encourager la réparation des bâtiments. L’abbaye fut également victime d’incendies (celui de 1680 fut particulièrement grave) et d’inondations. L’état de déclin amena les chanoines à demander la sécularisation.
En 1792, le duché de Savoie fut intégré à la France et la communauté canoniale disparut à la suite de la Révolution. Ses bâtiments passèrent entre des mains privées et ceux qui ne furent pas perdus furent fortement défigurés. L’église est conservée ; elle remplissait déjà auparavant des fonctions paroissiales. Elle est à nef unique et a été très modifiée et altérée au fil du temps et par des restaurations peu soigneuses. D’autres bâtiments conventuels furent transformés en hôtel, bien qu’ils aient été ensuite récupérés et restaurés.
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