On connaît l’existence du prieuré de Notre-Dame de Talloires depuis le XIe siècle, lorsqu’il dépendait de l’abbaye bénédictine de Savigny. La perte de ses archives ne permet pas d’en connaître l’histoire en détail. Au XVIIe siècle, il prit le titre d’abbaye. Il fut supprimé à la Révolution et devint par la suite un établissement hôtelier.
Vers l’an 1018, Rodolphe III de Bourgogne (v. 970-1032) et son épouse Ermengarde († v. 1057) donnèrent le lieu de Talloires à l’abbaye Saint-Martin de Savigny (Rhône). Par ailleurs, une tradition insuffisamment documentée mentionne qu’une cellule monastique aurait existé auparavant en ce lieu, que l’on met en relation avec la reine Teutberge († 875), épouse répudiée de Lothaire II (835-869).
Vers l’an 1031, probablement à l’occasion de la consécration de l’église, Rodolphe lui-même et surtout Ermengarde dotèrent le prieuré qui s’y était déjà établi. Il est possible que cette église fût la reconstruction d’un édifice antérieur. On considère que le premier prieur de cette maison fut Germain, l’un des moines venus de Savigny à l’époque de la fondation. Une légende élaborée très tardivement raconte que ce prieur se retira comme ermite dans un lieu des environs et qu’il fut considéré comme saint. Le pape Pascal II (en 1107) et Calixte II (en 1123) confirmèrent la dépendance de Savigny, tandis qu’en 1145 Eugène III plaça le prieuré sous sa protection.
Après une période de décadence, le prieuré entreprit une réforme de l’observance impulsée au XVIIe siècle par François de Sales, évêque de Genève. Ce redressement culmina avec l’obtention du titre d’abbaye, accordé par le pape Clément X en 1674. On entreprit alors la construction de nouveaux bâtiments monastiques, après qu’un incendie eut endommagé les précédents. L’abbaye fut fermée en 1792 à la Révolution ; elle perdit des bâtiments, des biens mobiliers et ses archives, et l’église fut démolie en 1833. À la fin du XIXe siècle, ce qui restait du monastère fut transformé en hôtel, fonction qu’il conserve encore aujourd’hui.
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