El 1220 el cavaller Bernat de Saga va cedir al comanador de Costoja, de l'orde de l'Hospital, la facultat d'erigir una església en el lloc anomenat Hospital de Berga, que ja era propietat dels hospitalers per una donació anterior. Inicialment independent, va quedar lligada d'alguna manera a la casa de Costoja; el 1236 s’esmenta fra Ramon de Liri, comanador de Berga, Costoja i Isot.
 

L'església de Sant Joan

L'església de Sant Joan

Quan la comanda templera de Puig-reig va passar als hospitalers, es reorganitzà tot el territori, quedant la casa de Berga reduïda al caràcter de priorat, depenent de Puig-reig. El 1377 la casa i església de Sant Joan, en plena crisi, foren venudes a les monges cistercenques de Santa Maria de Montbenet, que traslladaren aquí el seu monestir. Els hospitalers mantingueren les altres propietats de Berga.

Interior de l'església abans del 1936