La primera notícia de l'església de Sant Martí és una donació a favor seu, que porta la data de 898, l'indret on s'aixecava el temple estava situat extramurs, al costat sud del recinte d'època carolíngia. Tot i això, cal tenir en compte que en aquest lloc es va trobar un fragment de cancell tardoantic reutilitzat cap al 900 per gravar l'epitafi d'un personatge anomenat Teudus. És possible que la peça procedís d'un altre indret, però el més probable és que sigui d'una església anterior, que s'hauria perdut en alguna incursió islàmica.
A mitjans del segle XI l'església es va reconstruir i després de passar per diverses mans, el 1152 fou cedida a l'abat de Sant Joan de les Abadesses, en aquell moment ocupat per canonges de Sant Agustí, perquè hi fundés una comunitat de monges, cosa que no va tenir lloc fins al 1164 amb la creació d'una canònica agustiniana masculina regida per Arnau de Montbós, antic canonge de Lledó. La fundació fou confirmada amb una butlla d'Alexandre III de l'any 1166. Es documenten enfrontaments entre els anys 1255 i 1340 amb els dominics, establerts molt a prop.
A mitjans del segle XV entrà en decadència, situació que es va accentuar al segle següent quan va passar a estar dirigida per abats comendataris. La canònica es va dissoldre el 1581 i l'edifici va passar a mans dels jesuïtes a qui hom deu gran part de les construccions actuals. En ser expulsats, el lloc va esdevenir seu del seminari. Més endavant s'utilitzà de caserna i de presó i ara una part de l'edifici és utilitzat per la Universitat.
El fragment de cancell tardoantic
Ara al Museu d'Art de Girona
Fotografia d'autor desconegut
CRDI - Ajuntament de Girona
Fotografia de Jordi Contijoch (2014), a Calaix
- CANAL, Josep; i altres (2003). Història Urbana de Girona. Vol. 5. Girona, de Carlemany al feudalisme (785-1057). El trànsit de la ciutat antiga a l’època medieval (I). Ajuntament de Girona
- GAVÍN, Josep M. (1982). Inventari d'esglésies. Vol. 10. Gironès, Selva. Barcelona: Arxiu Gavín
- NOLLA, Josep M. (2015). En els orígens del temple de Sant Martí Sacosta. Noves reflexions. Butlletí Arqueològic. Reial Societat Arqueològica Tarraconense, núm. 36-37
- PALOL I SALELLAS, Pere de (1950). Escultura de la época hispano-visigoda en Gerona. Analecta Sacra Tarraconensia, núm. 23
- RIUS SERRA, Josep (1928). Cartes antigues de Sant Martí Sacosta. Analecta Sacra Tarraconensia, núm. 4
- ROURA, Gabriel (1988). Girona carolíngia. Del 785 a l'any 1000. Diputació de Girona
- ROURA, Gabriel (1991). Sant Martí Sacosta. Catalunya romànica. Vol. V. El Gironès, la Selva, el Pla de l’Estany. Barcelona: Enciclopèdia Catalana
- SIERRA, Eduardo (2005). Els jesuïtes a Girona (1581). Annals de l'Institut d'Estudis Gironins, núm. 46
L'actual església de Sant Martí Sacosta és a la Pujada de Sant Domènec, prop del convent del mateix nom