Tradicionalmente se considera que este monasterio se levanta en el lugar de una ermita dedicada a San Marcos que a su vez se había construido en el lugar ocupado por un antiguo eremitorio y posteriormente por un monasterio benedictino del que se tiene noticias del año 934 y que se habría extinguido. El 1134 se fundó un nuevo monasterio en este lugar gracias a la iniciativa de Afonso Bermúdez y Pedro Osorio, con la ayuda de Alfonso VII que hizo venir unos monjes del monasterio de Santa Marina de Corullón para iniciar la vida monástica en Monfero. El 1147 esta casa entró en la órbita cisterciense, pasando a depender del monasterio de Sobrado. En el siglo XV se encontraba en decadencia y fue reformado de forma que en 1506 se integró a la Congregación de Castilla, lo que facilitó la reconstrucción de las dependencias monásticas, obra que se prolongó en el tiempo (siglos XVI a XVIII), la nueva iglesia fue inaugurada en 1655. Ya en el siglo XIX, además de sufrir los efectos de la situación política general, en 1805 un rayo afectó la iglesia, después fue exclaustrado temporalmente debido al Trienio Liberal y en 1835 de manera definitiva.