La fundación de este monasterio se llevó a cabo gracias al conde Guifré II de Cerdanya, que había levantado una iglesia dedicada a san Martín ya con la voluntad de instaurar un monasterio. El 1007 se formalizó la fundación con la donación de tierras a la nueva casa, a la vez que se hacía constar que debía seguir la Regla de San Benito. En 1009 se consagró la iglesia monástica con la asistencia del obispo Oliba de Elna y del abad de Ripoll y Cuixà, Oliba, hermano del conde fundador. El año 1011 el papa Sergio IV le confirmó los bienes. Además de la casa condal de Cerdanya, el monasterio recibió protección del condado del Rosellón, la condesa Ermengarda, esposa Guislabert I, le hizo donaciones el 1007. En 1035 el conde fundador se retiró como monje a Sant Martí del Canigó, donde murió en 1050.

Por voluntad del conde de Cerdanya, en 1114 esta abadía fue sometida al monasterio de Lagrasse, que de hecho intervenía en las elecciones de abat que se hacían en el monasterio, eligiendo monjes de Lagrasse para ocupar el cargo. Sin embargo, en 1159 fue elegido un monje del monasterio de Ripoll, lo que provocó la oposición de la casa occitana que se materializó con un ataque al monasterio (1162), que resultó saqueado y con la comunidad dispersada. La intervención del rey y del papa dejó las cosas en su sitio el año siguiente, dejando el monasterio independiente.

En 1506 esta casa pasó a estar regida por abades comendatarios y en 1592 el papa Clemente VIII la integró en la Congregación Claustral Tarraconense. Mantuvo su actividad hasta que fue secularizado en 1782 y en los años siguientes cayó en ruina y resultó expoliada. La restauración comenzó en 1902 gracias a la iniciativa del obispo de Perpiñán Juli Carsalade, el resultado es el monasterio actual que conserva de época antigua la iglesia, de hecho dos iglesias superpuestas, el campanario y el claustro reconstruido con elementos recuperados. El resto de edificios son de construcción moderna. A partir de 1952 la casa estuvo a cargo del benedictino Père de Chabannes y desde 1988 de una comunidad que todavía lo ocupa.