Benedictinos
 

Los orígenes del monasterio se encuentran en una iglesia documentada desde 1053 donde se retiró al monje Guifred y su familia, bajo la protección del obispado de Vic. En 1066 se consagró la iglesia y se fundó la abadía, que ya empezó a recibir donaciones. Guifred fue su primer abad.

Después de unos inicios prometedores, con intentos de fundar prioratos dependientes, cayó en decadencia y a finales del siglo XI pasó a priorato subordinado a Sant Esteve de Banyoles. Hacia el 1100 empezó la construcción de un nuevo monasterio en Santa Magdalena de Mosqueroles con la finalidad de trasladar la comunidad. Este traslado finalmente no se autorizó y tuvieron que retornar a Sant Marçal, consagrando de nuevo la iglesia.

Desde el siglo XIV se agravó la decadencia del lugar, donde sólo habían uno o dos monjes. En 1672 quedó unido a la Congregación Claustral benedictina, ya sin vida comunitaria y con funciones más bien parroquiales, junto con Sant Julià del Montseny.