Desde el 1459 existía, fuera de la población de Briviesca, una comunidad de franciscanas terciarias fundada por el también franciscano Lope de Salazar y Salinas. Aquel año una bula del papa Pío II (1458-1464) ordenaba que las religiosas profesasen como clarisas del segundo orden. Más adelante intervino la familia Velasco, que ya había participado anteriormente en la fundación del monasterio de Medina de Pomar, también de clarisas. Mencía de Velasco, hija del condestable de Castilla Pedro Fernández de Velasco (1425-1492), impulsó directamente esta casa en 1511 y el año siguiente comenzó la construcción del nuevo complejo conventual, obra que se aceleró después de su muerte, el 1523. En el mismo siglo XVI, junto a la iglesia se levantó un hospital de peregrinos. La comunidad de clarisas se mantuvo en ese lugar hasta que en 2005 las monjas se trasladaron a Lerma.

De la iglesia hay que hacer mención especial del grandioso retablo mayor (1511-1569), obra de los escultores Diego de Guillén y Pedro López de Gámiz centrado por la representación del Árbol de Jesé.