Según la tradición, la casa franciscana de Burgos, una de las más antiguas de la Península, fue impulsada por el mismo san Francisco en su viaje que le llevó hasta Santiago de Compostela (1213-14). Francisco habría tomado posesión de la capilla de San Miguel, construcción documentada desde el 1163, la misma tradición indica que Francisco dejó el lugar a cargo de fray Lupo, otros miembros de la comunidad franciscana habrían llegado hacia el 1217-19. Tras ocupar durante unos años la capilla, los frailes tomaron la decisión de trasladarse a un lugar cercano, no tan apartado de la ciudad y más protegido y habitable. Burgos estaba a la cabeza de la provincia franciscana de Hispania hasta que en 1238 ésta se dividió en tres: Castilla, Aragón y Santiago y el convento de Burgos quedaría adscrito a la primera de ellas. Antes del 1240 la casa cambiaría la advocación primitiva de san Miguel por la de san Francisco, que había sido canonizado en 1228.

Se levantó el convento en el nuevo emplazamiento, más amplio. En la construcción colaboraron tanto los estamentos religiosos como los civiles, especialmente los Trinitarios que cedieron terrenos, y entre los civiles cabe destacar el apoyo económico de Ramón de Bonifaz, enterrado en la iglesia nueva en un bello sepulcro, ahora perdido. Se sitúa en el 1226 ese cambio de ubicación. En época de los Reyes Católicos este convento era también la sede del archivo real, hasta que Felipe II lo trasladó a Simancas. En 1517 se volvió a dividir la provincia de Castilla, ahora en cinco territorios uno de ellos era la provincia de Burgos. El convento sufrió la ocupación de las tropas francesas en 1809, la comunidad franciscana se vio obligada a abandonarlo hasta 1814 cuando tuvo que reconstruir la iglesia debido a su práctica destrucción a cañonazos. Sufrió una segunda exclaustración temporal en 1820 y la definitiva en 1835, con la Desamortización de Mendizábal. En 1844 el convento se adaptó como cuartel y con el paso de los años se fue modificando y derribando, ahora sólo se conservan algunos muros. Una vez clausurado el cuartel, buena parte de sus terrenos lo ocupan edificios de viviendas.