La fundación del monasterio de clarisas de Burgos se habría hecho en 1234 a partir de un beaterio reunido con la protección de la casa de los franciscanos de la misma ciudad y que habrían ocupado una iglesia dedicada a Santa Marina (o Santa María), quizás desde el 1230 y que quedaría integrada dentro del recinto monástico. Mencionar también que tradicionalmente se retrocede la fecha de aquel primer establecimiento hasta el año 1218. En esa época recibieron el apoyo de los benefactores Bernardo y Escaramunda. En 1234 el papa Gregorio IX dio el visto bueno al establecimiento monástico con una bula tras recibir una delegación de las mismas monjas que según la tradición se habían trasladado a Roma con este fin y que incluso menciona que conocieron a santa Clara en Asís. La bula fundacional menciona los nombres de cuatro monjas fundadoras: María Saenz (o Sánchez), María Mínguez, Juliana y Toda, que la comunidad considera santas.

Poco después empezaría la construcción de un nuevo complejo monástico para desarrollar su actividad, estas construcciones se fueron levantando en el transcurso de los siglos siguientes, sobre todo durante el segundo cuarto del siglo XVI, bajo el patrocinio de Juan de Salamanca. La comunidad de clarisas aún ocupa el monasterio.