El origen del convento de Santa Clara de Aguilar de Campoo es relativamente reciente, se organizó a iniciativa de Catalina Enríquez, que fundó el eremitorio de Santa María de Camesa, cerca de Aguilar. Una bula del papa Sixto IV (1473) oficializó aquella fundación convirtiéndolo en un monasterio de clarisas.

Diez años después de la fundación, las condiciones de habitabilidad del establecimiento monástico no eran las idóneas para llevar adelante su actividad y se tomó la decisión de trasladarse a Aguilar, al mismo establecimiento que entonces ocupaba una comunidad de franciscanos. Una nueva bula del papa Sixto (1483) autorizó ese traslado y las monjas se establecieron definitivamente en la ciudad, mientras que la comunidad de franciscanos se desplazó al convento de San Bernardino de Herrera de Pisuerga, ahora prácticamente desaparecido.