La catedral de Calahorra forma part de la diòcesi de Calahorra i La Calzada-Logronyo. El seu origen és molt antic, i hom el relaciona amb els màrtirs Celdoni i Ermenter que van morir martiritzats cap l’any 300 en aquest mateix lloc. És seu episcopal des del segle IV. El temple o baptisteri inicial va quedar destruït per la invasió islàmica. La ciutat fou recuperada per Garcia Sánchez III de Pamplona.

Com en moltes altres diòcesis, la de Calahorra tenia una comunitat de clergues a la catedral. Hom sap que quan García Sánchez III va restaurar la catedral el 1045 existia ja una comunitat que hi vivia. Inicialment feien vida comunitària, però més endavant els costums es van relaxar i els canonges podien adquirir els seus propis habitatges, ja sigui per compra o per cessió per part del bisbat.

L’edifici actual es va començar a aixecar a partir del 1484.