La catedral de Calahorra forma parte de la diócesis de Calahorra y La Calzada-Logroño. Su origen es muy antiguo, y se relaciona con los mártires Celedonio y Emeterio que murieron martirizados alrededor del año 300 en este mismo lugar. Es sede episcopal desde el siglo IV. El templo o baptisterio inicial quedó destruido por la invasión islámica. La ciudad fue recuperada por García Sánchez III de Pamplona.

Como en otras muchas diócesis, la de Calahorra tenía una comunidad de clérigos en la catedral. Se sabe que cuando García Sánchez III restauró la catedral el 1045 existía ya una comunidad que la ocupaba. Inicialmente hacían vida comunitaria, pero más adelante las costumbres se relajaron y los canónigos podían adquirir sus propias viviendas, ya sea por compra o por cesión por parte del obispado.

El edificio actual se comenzó en levantar a partir de 1484.