La abadía benedictina de Saint-Sauveur de Charroux fue fundada y dotada con bienes y tierras por el conde Roger de Limoges y su esposa Euphrasie en el año 785, con el apoyo del rey Carlomagno. Es posible que el acto de 785 corresponda a la dotación, y que la fundación original tuviera lugar ya en el año 769. En sus primeros tiempos fue una de las abadías más favorecidas por la monarquía y reunió un notable tesoro en forma de reliquias, algunas de las cuales fueron aportadas por los propios reyes.
La presencia de estas preciadas reliquias convirtió la abadía en un centro de devoción que atrajo a muchos peregrinos, lo que favoreció también su economía. Según la tradición, una de las reliquias más destacadas era conocida como el Saint-Vœu, y se decía que había sido entregada por un ángel a Carlomagno, aunque otras versiones afirman que este la habría dado al papa y que se conservaría en Roma. También se veneraba un fragmento de la Vera Cruz. Carlomagno confirmó las donaciones del conde Roger y declaró la abadía exenta de la autoridad episcopal. El papa León III lo confirmó en el año 801, colocándola bajo su autoridad directa.
Otros soberanos como Luis el Piadoso (815), Lotario (830) o Carlos el Calvo (872 y 874), así como varios papas, también actuaron en favor del monasterio. Se ha considerado que, en el año 938, monjes de esta abadía refugiados en Auvernia restauraron la abadía de Saint-Austremoine d’Issoire (Puy-de-Dôme). Durante el siglo X, el monasterio sufrió dos incendios; como consecuencia del segundo, entre 1017 y 1028, se construyó una nueva iglesia. El papa Urbano II visitó la abadía en 1096 y le otorgó una bula confirmando todas sus posesiones. En el siglo XII se añadieron nuevas donaciones y bulas, una dinámica que continuó en los siglos posteriores.
La guerra de los Cien Años afectó gravemente la prosperidad del monasterio, que fue incendiado en 1422. El último abad regular fue Geoffroy de Cluys, en 1521 se nombró al primer abad comendatario. En el siglo XVI, la abadía atravesaba un periodo de decadencia que se agravó con las guerras de Religión: en 1568, la villa de Charroux y la propia abadía fueron asaltadas y saqueadas, quedando en ruinas. La comunidad nunca logró recuperarse del todo y se mantuvo precariamente hasta 1762, cuando fue unida al cabildo de la colegiata de Brioude (Auvernia).
En 1793, tras la Revolución, el lugar fue vendido y pasó a manos privadas. Esto provocó el derribo de muchas estructuras conservadas hasta entonces, incluida la iglesia, una construcción singular con planta de cruz centrada por un gran edificio circular, una rotonda inspirada en el Santo Sepulcro de Jerusalén. Actualmente sólo se conserva la parte central de esta rotonda. La construcción de la iglesia se desarrolló en varias fases durante el siglo XI.
Una de las pocas dependencias conservadas es la sala capitular del siglo XV, donde se guardan elementos escultóricos procedentes del portal gótico, hoy en gran parte desmontado, aunque hay estructuras que se han mantenido in situ, integradas en edificios posteriores. En 1856, cuando una congregación de monjas ursulinas ocupaba parte del recinto, se descubrió un escondite en un muro del claustro donde se hallaron antiguos relicarios venerados en la rotonda de la iglesia monástica, probablemente ocultos en tiempos de las guerras de Religión.
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