En 833 se consagró la iglesia del castillo de Lillet, dedicada a Santa Maria, Sant Pere i Sant Joan, en este acto intervino el abad Calort de Sant Serni de Tavèrnoles. Pronto debió de tener también funciones parroquiales, dependiendo del obispado de Urgell.
En el siglo XI se reunió una comunidad de clérigos en torno a aquella parroquia dando paso a la existencia de una canónica. Esta comunidad fue recibiendo protecciones, bienes y rentas de las autoridades, tanto de la parte civil (el conde de Guillem Ramon de Cerdanya, en 1086) como eclesiástica (el obispo Ot de Urgell). Los protectores más destacados fueron los propios señores del castillo de Lillet. Ot de Urgell impulsó esta canónica con la fundación en 1100 de una cofradía, lo que dio nueva vitalidad a la comunidad. Se puso bajo la regla de san Agustín e incrementó sus posesiones con importantes donaciones de bienes, consiguiendo una época de prosperidad y estabilidad.
La época de bonanza se puso de manifiesto cuando en 1220 el papa Honorio III otorgó su protección a la canónica. En esa época la casa estaba dirigida por un pavorde. En 1297 se empezó a poblar el lugar conocido como Pujol, donde se empezó a levantar un nuevo castillo alrededor del cual se estableció la población. Esto significó el traslado de las funciones civiles y religiosas. A mediados del siglo XIV la nueva iglesia establecida en la Pobla tomó también las funciones parroquiales, en detrimento de la influencia que hasta ese momento había tenido la de Santa Maria de Lillet.
Lo mismo ocurrió con el castillo, cercano a la canónica, que en el siglo XV quedó deshabitado definitivamente. Sin embargo, la vida comunitaria en Santa Maria de Lillet continuó y en 1397 se consagró nuevamente la iglesia, que se había reformado. En ese momento su decadencia era importante, con una acusada disminución de los miembros de la comunidad. En 1592 la canónica fue secularizada, aunque se mantuvo la dignidad de pavorde hasta 1822. Aunque a principios del siglo XX se mantenía todavía en uso, finalmente el lugar fue abandonado y la Majestad románica que todavía conservaba fue trasladada a la iglesia de Santa Maria de la Pobla. Durante la guerra Civil la iglesia fue incendiada.
- GAVÍN, Josep M. (1985). Inventari d'esglésies. Vol. 17. Berguedà. Barcelona: Arxiu Gavín
- SERRA i ROTÉS, Rosa (1985). Santa Maria de Valldaura. Catalunya Romànica. Vol. XII. El Berguedà. Barcelona: Enciclopèdia Catalana
- VIDAL I ARDERIU, Lluís M. (1997). Monestir de Santa Maria de Lillet. Quaderns d'arquitectura i urbanisme, núm. 215