Una tradició afirma que l’església de Santa Maria de Guissona fou fundada l’any 410 des de la Seu d’Urgell, gràcies a la intervenció i presència de sant Paulí de Nola. Més endavant, a mitjan segle VI, el primer bisbe conegut de la Seu, sant Just, hi hauria establert una canònica seguidora de la Regla de sant Agustí.
Més enllà d’aquesta tradició, no es disposa de cap testimoni documental sobre Guissona fins que, cap a l’any 1024, el territori fou recuperat dels sarraïns pel comte Ermengol II d’Urgell. Tot i l’existència d’una església dedicada a Santa Maria i la presència de clergues, no s’hi documenta amb certesa cap comunitat canonical fins a l’any 1060. Ja durant la segona meitat del segle XI es documenten donacions a favor seu. L’any 1098, els bisbes Ot de la Seu d’Urgell, Folc de Barcelona i Ponç de Roda de Ribagorça consagraren una nova església, acte en què també s’hi establí una dotació econòmica.
Sembla que, inicialment, aquesta canònica -dependent de la Seu d'Urgell- seguia el model aquisgranès, i que, possiblement més endavant, esdevingué una canònica agustiniana. L’any 1266 el priorat canonical ja s’havia secularitzat, convertint-se en una col·legiata. Durant el segle XVIII es construí una nova església, ja que l’edifici anterior havia patit esfondraments i la seva estructura era molt precària.
- BACH I RIU, Antoni (1997). Santa Maria de Guissona. Catalunya romànica. Vol. XXIV: Barcelona: Enciclopèdia Catalana
- CAMPS, Eduard; SANTAEULÀRIA, Joan (1982). Guissona. Barcelona: Joan Santaeulària
- GARGANTÉ, Maria (2006). Arquitectura religiosa del segle XVIII a la Segarra i l'Urgell. Condicionants, artífex i pràctica constructiva. Barcelona: Fundació Noguera
- MARQUÈS, Benigne (2000). La consagració de l’església de Santa Maria de Guissona, l’any 1098, i la seva canònica. La transformació de la Frontera al Segle XI. Universitat de Lleida
- MARQUÈS, Benigne (2021). Els pergamins de Santa Maria de Guissona. Urgellia, núm. 20. Seu d’Urgell: Societat Cultural Urgel·litana
- SANGÉS, Domènec (2005). Els documents del segle XII (1176-1200), dels fons de Guissona, conservats d l’Arxiu Diocesà d’Urgell. Urgellia, núm. 15. Seu d’Urgell: Societat Cultural Urgel·litana