L’origen del monestir de Santa Maria d’Amer cal cercar-lo al Gironès, al lloc de Sant Medir on cap el 820 s’hi havia fundat un establiment monàstic. Aquella casa tenia diverses esglésies o cel·les que hi depenien (a més d'aquesta de Santa Maria d'Amer, Sant Andreu de Terri, Colomers i Santa Maria de Càrcer). Aquell antic i important monestir del Gironès gaudia del privilegi d’immunitat que li fou atorgat per Lluís el Pietós i confirmat el 844 per Carles el Calb.
Hi ha constància de l’existència d’aquesta cel·la de Santa Maria d’Amer a partir de l’any 844. Entre els 935 i 940 la comunitat de Sant Medir es va traslladar a Amer, segurament cercant un indret més segur. L’any 949 es va consagrar l’església del nou monestir d’Amer amb la participació del comte Borrell II de Barcelona (947–992) i en aquell acte fou dotat amb diversos béns i rendes, entre els quals els procedents de Sant Medir. Aquesta dotació inicial es va incrementar amb altres donacions efectuades tan des del poder comtal com de particulars, a més d’altres béns adquirits per compra. El monestir va tenir jurisdicció sobre llocs i parròquies del el seu entorn. Pel que fa al seu funcionament intern, cal destacar el fet d’ésser una abadia independent, només subjecta a Roma. Tot això va afavorir que acumulés un important patrimoni i gaudís de prosperitat.
Al segle XV havia entrat en decadència i fins i tot alguns edificis monàstics es trobaven en estat ruïnós, cosa que es va agreujar amb els terratrèmols dels anys 1425 a 1428. En el mateix segle, i malgrat les penúries econòmiques, es va procedir a la seva restauració. El 1592 li fou annexat el monestir de Santa Maria de Roses que estava en decadència però la situació no va millorar i al segle XVIII el que quedava d’aquella comunitat es va traslladar a Amer. Santa Maria del Coll era un priorat d’Amer. Durant el segle XVII va patir els efectes de diversos esdeveniments de caire militar pels quals resultà afectada la població d’Amer i el monestir particularment.
Ja al segle XIX, va patir poc els efectes de la guerra del Francès gràcies a la previsió dels monjos, que van amagar els objectes de valor. Fou exclaustrat temporalment durant el Trienni Liberal i definitivament el 1835, quan es van perdre bona part dels béns mobles mentre que els immobles passaven a mans particulars i l’església prenia les funcions de parròquia, que el 1936 va tornar a patir destrosses a causa de la guerra Civil. Del monestir només es conserva l’església i encara molt modificada.
Capçalera de l'església
Capçalera de l'església, el 1990
Façana de l'església, el 1990
Interior de l'església, el 1990
Església del monestir (1897)
Fotografia de Gaietà Barraquer
publicada a Las Casas de Religiosos...
Fotografia de Josep Salvany (1912)
Biblioteca de Catalunya
Fotografia de Josep Salvany (1915)
Biblioteca de Catalunya
- ABADAL, Ramon (2007). Catalunya carolíngia. Vol. II. Primera part. Barcelona: I. E. Catalans
- BARRAQUER Y ROVIRALTA, Cayetano (1906). Las Casas de Religiosos en Cataluña durante el primer tercio del siglo XIX. Barcelona: Imp. J. Altés y Alabart
- CALMETTE, Joseph (1906). Un jugement original de Wifred le Velu pour l'abbaye d'Amer (17 avril 898). Bibliothèque de l'école des chartes. Vol. 67
- COSTA, Xavier (2019). Paisatges monàstics. El monacat alt-medieval als comtats catalans (segles IX-X). Tesi doctoral. Universitat de Barcelona
- GAVÍN, Josep M. (1982). Inventari d'esglésies. Vol. 11. Gironès, Selva. Artestudi Ed.
- MARQUÉS I CASANOVES, Jaume (1970). Amer. Annals de l’Institut d’Estudis Gironins. Vol. 20
- MARQUÉS I PLANAGUMÀ, Josep M. (2005). El monestir d'Amer: persones i institucions. Quaderns de la Selva, 17. Centre d’Estudis Selvatans
- MERINO, Antolín (1819). España Sagrada. Vol. XLIII. De la santa Iglesia de Gerona. Madrid: Collado
- MONSALVATJE, Francisco (1904). Los monasterios de la diócesis gerundense. Noticias históricas XIV. Olot: Bonet
- PRADES I BUIXONS, Isidre (1991). Catalunya romànica. Vol. V. El Gironès, la Selva... Barcelona: Enciclopèdia Catalana
- PUJADES, Jeroni (1829). Crónica universal del Principado de Cataluña. Vol. 5. Barcelona: Torner
- SAGRERA, Jordi (1989). Memòria de l'excavació d'urgència a la plaça del monestir (Amer, La Selva). Generalitat de Catalunya
- SAGRERA, Jordi; AGUSTÍ, Bibiana (2002). El monestir de Santa Maria d'Amer. Evidències arqueològiques al claustre. Quaderns de la Selva, 14. Centre d’Estudis Selvatans
- SOLÀ I COLOMER, Xavier. El monestir de Santa Maria d’Amer a l’època moderna: Religió, cultura i poder. De la reforma benedictina a la vigília de les desamortitzacions (1592-1835). Barcelona: Fundació Noguera, 2010
- VILLANUEVA, Jaime (1850). Viage literario a las iglesias de España. Vol. XIV. Madrid: Real Academia de la Historia
- YEPES, Antonio de (1610). Coronica general de la orden de San Benito. Vol. 4
El monestir de Santa Maria és al centre d'Amer