El monasterio de Sant Pere de Graudescales es de fundación particular, la primera iglesia fue construida por el presbítero Magnulf con la voluntad de que se convirtiera en una casa benedictina, el 912 el obispo de la Seo de Urgel, Nantigís, la consagró dejándola bajo la tutela del fundador y especificando que después de su muerte continuaría bajo el control de su familia.
El 960 se menciona al sacerdote Francemir que obtuvo la autorización del obispo y del conde Borrell II para poner la comunidad de canónigos de Graudescales bajo la Regla de San Benito y se nombró al abad Bel·ló, antes canónigo, y se dotó económicamente con bienes diversos. El año 982, el conde Borrell II hizo otras aportaciones de carácter económico y el 1001 el papa Silvestre II le confirmaba sus bienes. En el siglo XI se debió levantar una nueva iglesia pero a finales del siglo XII el lugar fue víctima de un saqueo. Se sabe que con posterioridad a ese hecho se restauraron las construcciones auxiliares de la iglesia pero no hay constancia de vida monástica (siglo XIII), como mucho había una comunidad de clérigos de tipo canonical. En el siglo XV se había convertido en una parroquia y tuvo culto hasta el 1837, desde ese momento quedó abandonada y cayó en ruina. El lugar fue excavado y restaurado durante la segunda mitad del siglo XX.
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