La decadència

Al segle XV el lloc va entrar també en decadència econòmica, motivada pel despoblament del territori i en conseqüència la caiguda de les recaptacions. En 1433 entraren en funcionament els abats comendataris, deslligats de la casa, ni hi residien i de vegades ni la visitaven.

El 1592 fou secularitzada i va passar a col·legiata, situació que es va mantenir fins el 1874. Fou bombardejat en la guerra dels Segadors (1645) i cap el 1829 fou convertit en caserna militar. Puig i Cadafalch va començar la seva restauració a començament del segle XX.

Les restes arquitectòniques

Els edificis de l’antiga canònica són el resultat de construccions i transformacions efectuades en el decurs dels segles. La part més antiga és la zona inferior: una església de tres naus, pràcticament tres esglésies independents, si ens fixem en els murs que les separen. Aquesta part s’hauria aixecat a partir del 1034 i la seva construcció s’hauria perllongat fins el 1041.

Aquesta església (o esglésies) va patir la invasió sarraïna del 1046 i posteriorment (cap el 1060) es va bastir l’església superior, deixant la primera com a cripta. Es van aixecar unes columnes a l’església primera per suportar el paviment de la nova, que ara han desaparegut. La construcció d’aquest temple superior, de tres naus, s’hauria allargat fins el 1094.

Es va aixecar també un claustre romànic, potser només amb dues galeries. Aquest va desaparèixer quan es va aixecar un de nou, gòtic, que es conserva parcialment. Aquest es va bastir a iniciativa de Pere I, comte d’Urgell entre el 1347 i 1408. La construcció d’aquest claustre possiblement va començar a finals del segle XIV i es va acabar molt després de la mort del comte, ja entrat el segle XVI.

Àger als museus

Al MNAC es conserven uns capitells romànics procedents d’aquest lloc, en bona part de la cripta.

Al Museu de Lleida Diocesà i Comarcal es conserva un valuós conjunt de dinou peces d’escacs de cristall de roca, originaris de l'Egipte fatimita (segles X-XI). Eren propietat del fundador de la canònica, Arnau Mir de Tost. La resta de peces es troben ara a Kuwait, on van anar a parar quan es va dispersar el conjunt.

També al MNAC es pot veure un fragment de pintura mural amb la representació dels apòstols Tadeu i Jaume, datat cap el 1100. Al mateix museu es conserva una clau de volta gòtica amb l’escut de Pere I d’Urgell.

L'antiga col·legiata està situada a la part alta de la vila d'Àger, dins les muralles del seu antic castell