Castil de Lences tiene su origen en una fortificación levantada en este lugar cuando se recuperó el territorio a los sarracenos. Posteriormente figura mencionado en varias operaciones, particularmente en donaciones efectuadas a favor de las grandes instituciones monásticas del momento.

En 1282 la viuda Sancha de Rojas impulsó la fundación en este lugar de un monasterio de clarisas en el solar del castillo que había dado nombre a la población. Para esta fundación se hicieron venir cuatro monjas del convento de Santa Clara de Burgos que comenzaron la vida monástica. La iglesia tenía también funciones parroquiales y la comunidad aquí reunida estaba asistida por los franciscanos de San Bernardino de Poza de la Sal.