Este monasterio se fundó por voluntad del noble Rodrigo Rodríguez Girón y su esposa Inés Pérez en unos terrenos que poseían en este lugar. Su voluntad era de entregarlas a la orden del Cister para que fundaran un monasterio que se utilizaría como lugar de enterramiento para ellos y sus descendientes. La fundación se llevó a cabo desde el cercano monasterio cisterciense de Santa María de Benavides (Boadilla de Rioseco, Palencia).

En 1215 se formalizó un documento donde se dotaba económicamente el nuevo establecimiento, al tiempo que los fundadores se comprometían a construir una iglesia y las dependencias necesarias para poder acoger la nueva comunidad cisterciense. En este documento consta que ya existía la comunidad, posiblemente la fundación se había hecho en el año anterior. En 1216, Enrique I de Castilla hizo una importante donación económica a favor del nuevo monasterio, ejemplo que siguieron los descendientes de los fundadores.

Otros monarcas hicieron aportaciones al monasterio, varios papas: Honorio III, Gregorio IX, Inocencio IV y Alejandro IV confirmaron las donaciones y derechos obtenidos por la comunidad. Nunca llegó a convertirse en un monasterio de importancia, se sabe que entre los siglos XVII y XVIII se reformaron las construcciones, sobre todo las dependencias monásticas.

A comienzos del siglo XIX el lugar se vio afectado por la Guerra de la Independencia, que lo dejó en ruinas y con la comunidad dispersada. Con la desamortización el lugar pasó a manos particulares, los bienes muebles, especialmente los sepulcros de los fundadores, fueron vendidos y los edificios se adaptaron como vivienda y para las tareas agrícolas de la finca. Se conserva la cabecera románica de la iglesia y los restos de los edificios de los siglos XVII y XVIII. Los sepulcros se encuentran en la Hispanic Society, de Nueva York.