Según la tradición, esta abadía fue fundada hacia el año 817 por Pipino I de Aquitania (797-838), hijo de Luis el Piadoso, en un lugar donde esa casa real tenía una residencia. También se dice que el fundador depositó allí la cabeza de san Juan Bautista, objeto de gran veneración. Aquel primer monasterio habría sido destruido por diversas invasiones normandas (850, 860 y 876).
Durante el siglo X, la casa fue restaurada monásticamente. En el año 942, Luis IV de Francia encargó a un monje de Saint-Cyprien de Poitiers (Vienne) el restablecimiento de la vida regular. Gracias a la presencia de la reliquia del Bautista y al apoyo de la nobleza, el monasterio se convirtió rápidamente en uno de los más influyentes y poderosos de la región. En el año 1010, la abadía se integró en la red de Cluny, situación que se mantuvo hasta 1217. Estaban subordinados a ella varios prioratos, como Saint-Germain de Varaize (Charente Marítimo) y Saint-Hilaire de Melle (Deux-Sèvres), además de algunas iglesias.
También pasaron a depender temporalmente los grandes monasterios de Saint-Cybard de Angulema y Saint-Étienne de Bassac (ambos en Charente). En el año 1048 se consagró su iglesia, que fue reconstruida en el siglo siguiente, pero aquellas obras desaparecieron con una nueva construcción iniciada en el siglo XIII. Sin embargo, los efectos de la guerra de los Cien Años y, especialmente, de las guerras de Religión (1562-1568) frenaron su desarrollo. El lugar fue saqueado y perdió uno de sus bienes más preciados: la reliquia del Bautista. En 1621, la población de Saint-Jean-d’Angély sufrió un asedio que también afectó al monasterio.
En 1623, en plena decadencia, la casa pasó a formar parte de la congregación de Saint-Maur, que emprendió una nueva reconstrucción del conjunto monástico, una operación que quedó interrumpida a causa de la Revolución. Actualmente puede verse la iglesia inacabada (Les Tours), junto a la actual iglesia parroquial, restaurada en 1899, que conserva algunos restos del edificio gótico anterior, destruido por los hugonotes, además de la abadía del siglo XVIII.

Monasticon Gallicanum
Bibliothèque nationale de France
- BEAUNIER, Dom (1910). Abbayes et prieurés de l'ancienne France. Vol. 3: Auch, Bordeaux. Abbaye de Ligugé
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- MUSSET, Georges (1901-03). Le Cartulaire de l’Abbaye Riyale de Saint-Jean d’Angély. Archives historiques de la Saintonge et de l'Aunis, vol. 30-33
- PEIGNÉ-DELACOURT, Achille (1877). Monasticon Gallicanum. Paris: G. Chamerot
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