Existe una leyenda que dice que la fundación de este monasterio es obra de san Amando (c594-c684) pero esta narración se la considera errónea y posiblemente se basa en una confusión de nombres con Saint-Pierre-de-Nant (Aveyron) y la Abadía de Elnon (Norte). No es hasta más adelante que se empiezan a encontrar referencias a este lugar, la documentación es muy escasa debido a la pérdida del archivo del monasterio. Aparte de una referencia insegura a un abad llamado Teto, del año 670, no hay documentación fiable hasta que se encuentra el abad Syagrius como asistente a la consagración real de Pipino el Breve de quien obtiene algunos beneficios para el monasterio que serían confirmados el 817 por Luis el Piadoso. El 877, a la muerte de Carlos el Calvo en un viaje, este fue enterrado temporalmente en Saint-Pierre de Nantua hasta que el 884 sus restos se trasladaron a la abadía de Saint-Denis. Aquel monasterio quedó destruido el 952 por un ataque de los invasores húngaros.

Su recuperación vino desde la abadía de Cluny, que se encargó de la reconstrucción del lugar, el 959 el antiguo monasterio quedó dentro de la órbita cluniacense. El gran abad san Hugo de Cluny (o Hugo de Semur, 1024-1109) ostentó también el cargo de abad de Nantua. Debido a la política interna cluniacense, esta casa adquirió el rango de priorato el 1109, título que mantuvo hasta la Revolución, cuando el monasterio fue suprimido definitivamente. Después el lugar tomó las funciones parroquiales traspasándolas de la antigua parroquia de Saint-Michel, pequeña y en mal estado, que se derribó. La iglesia lleva desde aquel momento la advocación de san Miguel.