El nom de Salgar procedeix de l’àrab algar (també utilitzat en castellà), que significa cova, en una clara referència a aquest indret on el Segre passa per un congost on les aigües han anat excavant balmes a la roca que algun autor ha considerat eremítiques. Hi ha constància arqueològica de l’ocupació d’aquesta zona en època ibèrica. En el mateix congost, a l’altra banda del riu, s’aixecava el castell de Malagastre, lloc que fou conquerit a l’islam en una expedició (1015-1016) del comte Ramon Borrell de Barcelona.
Val a dir, però, que aquestes terres no van estar mai islamitzades del tot ja que són just al límit de la zona que aquells van ocupar. Hom té constància que poc després, el 1018, el comte va fer donació al monestir de Sant Serni de Tavèrnoles d’una espluga prop del castell amb la finalitat d’aixecar una església dedicada a Sant Salvador. Molt possiblement el lloc va tornar després sota domini dels musulmans. El castell de Malagastre fou venut el 1049 per la comtessa d’Urgell a Arnau Mir de Tost (?-1071), que més endavant el va cedir a la canònica de Sant Pere d’Àger.
El lloc de Salgar (o Algar) apareix esmentat per primer cop el 1054, quan Arnau Mir de Tost fa una donació a la propera canònica de Sant Miquel de Montmagastre, amb les esglésies de Malagastre i el delme de Salgar. Però el primer esment d’una església en aquest indret no es troba fins el 1192, quan s’esmenta la capella de Santa Maria de Salgar, sotmesa a Sant Urbà de Montsonís. A aquesta capella li correspondria la capçalera de l’edifici actual. Hom esmenta també una llegenda que fa que el topònim de Salgar vingui d’un cavaller d’aquest nom que ocupava un castell proper, com defensa en front dels musulmans. Una altra llegenda en diu que en una de les coves del lloc uns pastors hi van trobar una imatge de la Mare de Déu.
Inicialment el lloc era un santuari marià, on s’hi venerava la imatge de la Mare de Déu, primer una peça romànica i més endavant gòtica, que es va perdre en 1936. Hom considerava que aquesta imatge tenia poders miraculosos i era treta en processó en cas de sequera. Es veu que a començament del segle XV el lloc havia caigut en cert abandonament, motiu pel qual el senyor de Montsonís (Ponç de Ribelles) el 1404 va cedir el santuari, d’acord amb l’arxipreste d’Àger, als carmelites calçats. El primer prior conegut del convent és Pere Reig (1470-1477).
Sota el mandat de Pere Pons (prior entre el 1522 -1538 i 1540-1566) es van portar a terme obres d’ampliació del convent, fet que coincideix amb un clar increment de la devoció entre els fidels, on s’hi aplegaven per a demanar auxili a la Mare de Déu o bé agrair-li el seu ajut, en aquesta època es va posar en marxa un servei de barca per travessar el riu. Un altre prior reconegut fou Mateu Cardona (1598-1604), que més endavant va anar al Carme de Barcelona, per tornar al Salgar, on va morir en olor de santedat. A començament del segle XVII es registre altra cop una forta activitat constructora, amb l’ampliació de la casa conventual. Al segle XVIII es va bastir un pont d’obra que travessava el Segre, que ara ha desaparegut.
El 1783-84 hi consta una comunitat de cinc membres a més d’un matrimoni que s’encarregava de feines diverses: ella a la cuina i ell al pas de barca. Excepcionalment aquest convent no va resultar afectat per la guerra del Francès, i s’hi van refugiar molts frares de l’orde carmelità. Les lleis desamortitzadores del 1835 van trobar un establiment en plena decadència, curiosament aquest lloc va passar desapercebut per l’administració degut a que no figurava en cap relació dels bisbats a causa del seu lligam directe amb l’Arxiprestat d’Àger. Això va representar la venda dels seus béns i terres que passaren a mans particulars. El mobiliari es va perdre. Aviat el lloc es va recuperar com a santuari, gràcies a la voluntat dels nous propietaris. Ara depèn de l’església d’Artesa. El conjunt d’edificis del Salgar cal datar-lo, essencialment, en l’època barroca. Tot i això, encara es conserva l’antic absis romànic de l’església.
- ALÒS I TREPAT, Carme (1994). Castell de Malagastre o d’Antona. Catalunya Romànica. Vol. XVII. La Noguera. Barcelona: Enciclopèdia Catalana
- BARRAQUER I ROVIRALTA, Gaietà (1906). Las casas de religiosos en Cataluña durante el primer tercio del siglo XIX. Tomo I. Barcelona: F. J. Altés
- BERTRAN I ROIGÉ, Prim (1973). El Santuari de Santa Maria de Salgar. Lleida: Instituto de Estudios Ilerdenses
- CAMÓS, Narciso (1657). Jardín de Maria plantado en el Principado de Cataluña. Barcelona: Plantada
- CATALÀ I ROCA, Pere (1979). Els castells de Rubió i Malagastre. Els castells catalans. Vol. VI 1ª part. Barcelona: Rafael Dalmau Editor
- GAVÍN, Josep M. (1982). Inventari d'esglésies. Vol. 12 Noguera. Barcelona: Arxiu Gavín
- LEZANA, Juan Bautista de (1656). Annales sacri, prophetici, et Eliani Ordinis Beatiss. Virg. Mariae de Monte Carmeli. Vol. IV. Roma: Typ. Andreae Phaei
- PUIGFERRAT, Carles (1994). Santa Maria de Salgar. Catalunya Romànica. Vol. XVII. La Noguera. Barcelona: Enciclopèdia Catalana
- SANAHUJA, Pedro (1961). Historia de la villa de Ager. Barcelona: Ed. Seráfica