Una bula papal de Sergio IV del año 1011 menciona este lugar como una de las propiedades de Sant Miquel de Cuixà en la que figura también una iglesia. El 1045 se bendijo de manera solemne el terreno donde se iba a levantar el monasterio benedictino de Sant Miquel, acto en el que participaron de una u otra manera personalidades de la época, como el obispo y abad de Cuixà, Oliba, el arzobispo de Narbona, el obispo de Girona y los condes Ponç de Empúries y Gausfred de Rosselló.
La iglesia monástica se consagró en 1066, fecha en que se confirma también su dependencia de Cuixà. El monasterio de Fluvià resultó favorecido por las donaciones de los condes de Empúries y también del condado de Barcelona (siglos XI y XII) también fue beneficiario de varias donaciones de los señores de Oltrera (Rosellón). Sant Miquel de Fluvià poseía la iglesia de Santa Coloma de Matella, donde en el siglo XIV se instaló una comunidad de monjas benedictinas. Sant Miquel de Fluvià fue anexionado a Sant Pere de Galligants, hecho del que se tiene constancia, al menos, desde el 1613. Mantuvo su actividad monástica hasta la exclaustración de 1835. Ahora es la iglesia parroquial de la población del mismo nombre que se extiende a su alrededor.
Se conserva la iglesia de planta basilical con un corto transepto y con una cabecera con tres ábsides, la misma que se consagró en 1066. En el interior se conserva una buena serie de capiteles con funciones arquitectónicas, además de otros que podrían proceder del claustro desaparecido. En un altar lateral se conserva una imagen gótica de la Virgen. La fisonomía del conjunto ha cambiado debido a la fortificación que se añadió al edificio original, quizás de la época de la guerra Civil Catalana (1462-1472). La portada también es obra posterior, lleva la fecha de 1532, época en que se hicieron otras reformas en el edificio, notablemente en la fachada y el coro. Hay que mencionar también su campanario lombardo, también fortificado. Al sur de la iglesia se extendía el claustro, excavado en los últimos años. También se conservan otras dependencias de época muy posterior a la iglesia, que después se transformaron en viviendas.
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