Aquesta casa monàstica, té el seu origen en una comunitat femenina no regulada que feia vida eremítica fora de la població de Pollença, al puig de Can Sales, des del 1351. El 1362 van demanar autorització al bisbe de Mallorca per traslladar-se al Puig de Maria on, des del 1348, hi havia una església on es venerava una imatge de la Mare de Déu trobada miraculosament i que havia estat objecte d’invocacions i rogatives arran de l’epidèmia de pesta que va patir la població en aquells dies. El 1371 la comunitat de beguines va ordenar la seva situació gràcies a l’adopció de la regla de Sant Pere, que els fou atorgada pel bisbe que va nomenar a Flor Ricomà com a priora, el nombre de monges ja havia augmentat considerablement. En aquesta època es van solucionar les diferències entre el Puig i els hospitalers de Pollença que com a beneficiaris dels béns del Temple ostentaven el domini de la vila i les seves institucions religioses. La regla de Sant Pere no formava part de les que l’Església havia aprovat per les comunitats monàstiques i per això es va demanar la seva regularització, que es va oficialitzar el 1388 amb un breu apostòlic que sotmetia la casa a la regla de Sant Agustí i confirmava Ricomà com priora, aquesta va morir aquell mateix any.

Gràcies a la devoció de la població envers la Mare de Déu del Puig la comunitat va poder bastir un monestir i adequar la capella a les seves necessitats. El 1461 el lloc estava ocupat per unes setanta persones, entre monges i novícies, aquesta situació li va permetre participar en la fundació del monestir jerònim de Santa Elisabet de Palma el 1485 amb l’aportació de dues monges per instaurar aquella comunitat. A mitjan del segle XVI Pollença i de retruc el monestir del Puig va patir els efectes de les revoltes populars i dels atacs del pirates, el que va aconsellar la comunitat de religioses el seu refugi temporal a Palma.

En les sessions del Concili de Trento es va aprovar un decret que afectava directament la vida interna de les comunitats religioses, especialment les femenines (1563), el bisbe de Mallorca va treballar per posar en pràctica aquelles disposicions especialment pel que fa a la clausura incorporant a la comunitat quatre religioses de Santa Margalida amb l’oposició ferma de la comunitat de tal manera que es va decretar el 1564 la seva dissolució i trasllat de les monges i bona part del mobiliari a Ciutat aprofitant també una de les directrius de Trento que prohibia l’existència de comunitats femenines en llocs despoblats. Van mantenir el lloc del Puig, però poc a poc va anar entrant en ruïna i es va haver de restaurar, en qualitat de santuari. A Ciutat van ocupar de manera provisional unes dependències de la casa i hospital de Sant Antoni mentre pledejaven pel seu retorn. Llavors la comunitat era coneguda amb el títol de Sant Antoni de Viana, òlim (antigament) del Puig de Pollença. Veient irreversible la situació i trobant-se en una situació de precarietat a Sant Antoni, les monges van adquirir uns terrenys al Sitjar on van aixecar un nou monestir on es van traslladar l’any 1576 creant el monestir de la Concepció, continuador de la casa del Puig de Pollença.